St. Ulrich war in den Jahren von 1220 bis 1230 als herzogliche Palastkapelle errichtet worden. Spätestens gegen 1240 dürfte das Bauwerk seine Funktion als Dompfarrkirche erhalten haben. Stilistisch gehört St. Ulrich zu den ältesten Bauwerken der Gotik in Deutschland. Die Architekturformen wurden unmittelbar aus Frankreich importiert; ihre Wurzeln finden sich in den Kathedralen von Paris und Laon. Die prächtige Fensterrose in der Westwand, die fantasievoll dekorierten Kapitelle und Schlusssteine sowie die schwerelose Eleganz des Obergeschosses zeigen die Qualität der Durchführung. Freskenreste zeugen von den ursprünglichen Wandgemälden um 1240.

Die reiche Ausmalung des Innenraums mit Blattranken und Blumen, Apostelfiguren und biblischen Szenen stammt aus dem Jahr 1571, ergänzt durch bunte Gewölbemalereien des ausgehenden 16. Jahrhunderts im Obergeschoss.

Ab 1986 wurden im Museum St. Ulrich die Kunstsammlungen des Bistums Regensburg präsentiert. Aufgrund von umfangreichen Restaurierungsmaßnahmen ist es jedoch derzeit geschlossen, aber für Sonderaustellungen und Führungen geöffnet.

Im Sommer 2019 war die Sonderausstellung Zwei Türme für den König. 150 Jahre Vollendung der Regensburger Domtürme zu sehen. Letzte sehr einsdrucksvolle Ausstellung "Der Göttliche Funke II" in St. Ulrich war vom 10. September - 31. Oktober 2021 mit dem renommierten Maler, Grafiker und Bildhauer Markus Lüpertz. Anlässlich seines 80. Geburtstags präsentierte der Künstler zum einen seine Gipse – Köpfe, statuettenartige Werke sowie die monumentalen Ganzfiguren. Zweiter Ausstellungsschwerpunkt waren die Glasarbeiten, Entwurfszeichnungen und Werkkartone von Kirchenfenstern, die in Originalgröße zu sehen waren.

Seit Juli 2023 können die neuen Kirchenfenster von Markus Lüpertz in St. Ulrich betrachtet werden. Das Malen mit Licht und die Herstellung der Glasfenster wird bei speziellen Expertenführungen den Gästen anschaulich gezeigt. Zudem gibt es auch musikalische Nachmittagsangebote, welche kostenlos besucht werden können. 

Exponate der ehemaligen Dauerausstellung:
Christliche Kunst aus über einem Jahrtausend in einer der interessantesten frühgotischen Kirchen Deutschlands – Gemälde, Skulpturen und Goldschmiedekunst führten im Museum St. Ulrich vom 11. ins 21. Jahrhundert und boten spannende Kontraste zwischen mittelalterlichen und zeitgenössischen Auseinandersetzungen der Künstler mit religiösen Motiven.

• Auferstehung Christi, 17. Jh. Auferstehung Christi, 17. Jh.
• Sog. Stab des Hl. Emmeram, 12. Jh. Sog. Stab des Hl. Emmeram, 12. Jh.
• Christus II von Peter Wittmann, 1980 Christus II von Peter Wittmann, 1980
• Christuskopf aus der Romanik Christuskopf aus der Romanik
• Martyrium der hl. Katharina, 18. Jh. Martyrium der hl. Katharina, 18. Jh.
• Geißelung Christi, 2. Viertel 17. Jh. Geißelung Christi, 2. Viertel 17. Jh.
• Minnekästchen, 2. Hälfte 14. Jh. Minnekästchen, 2. Hälfte 14. Jh.
• Wessobrunner Mutter der schönen Liebe, Mitte 18. Jh. Wessobrunner Mutter der schönen Liebe, Mitte 18. Jh.
• Die schöne Maria, um 1519/22 Die schöne Maria, um 1519/22
• Hl. Sebastian, 3. Viertel 16. Jh. Hl. Sebastian, 3. Viertel 16. Jh.
• Türzieher, 1. Viertel 11. Jh. Türzieher, 1. Viertel 11. Jh.
• Das verhüllte Kreuz, Rudolf Koller, 1981 Das verhüllte Kreuz, Rudolf Koller, 1981
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